肛周脓肿的鉴别诊断很多，比如会阴筋膜下的脓肿，或坏死性筋膜炎。坏死性筋膜炎在临床上也比较少见，但是它的死亡率比较高，它是由多种细菌感染引起的坏死性软组织感染，是由于感染造成皮下血管的栓塞导致坏死，同时影响了局部的抵抗能力，而使得感染加重，造成了一个恶性的循环，使感染和坏死沿筋膜迅速蔓延，而造成软组织的大范围快速坏死的严重急性症。起病较急，一般都有发热，白细胞显著增高，肛门及会阴部可以看到黑色的病变，皮下可以触及一些捻发音。所以肛周脓肿一定要与会阴下脓肿以及坏死性筋膜炎进行鉴别。
