胆囊结石的鉴别诊断，包含胃炎、胃溃疡、胃下垂、胰腺炎、胆囊癌、泌尿系结石、肝脏病变等等。胆囊结石如果出现了相应的症状，是以右上腹的闷痛、胀痛或者绞痛为主，此时会引起相应周边器官疾病的鉴别，如泌尿系结石也会出现右上腹的疼痛。
肝脏正好位于胆囊的上方，肝脏的某些疾病，如肝脓肿、肝脏肿瘤、肝内胆管结石也会引起右上腹疼痛，并且合并发热的症状。胰腺炎也会出现上腹部的疼痛，某些胃溃疡、胃炎时也常常出现上腹部疼痛，很多胆囊结石出现急性发作的时候都当成胃炎来进行诊治。
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