骨结核在确诊过程中除了需要肺结核的确诊检查，还包括结核菌素皮试、抽血化验、γ-干扰素释放试验以及血常规等检查。骨结核检查还需要特殊的检查，常见的CT检查，CT检查能够明确地发现病灶部位、病灶破坏程度等。除了常规的CT或局部的拍片等检查之外，患者还会进行磁共振检查，特别是脊柱等特殊的骨结核，需要磁共振进行探查。
CT检查和核磁共振检查是针对不同病变特点的两个特征性检查，当患者出现化脓或其它部位需要判断是否患有结核时需要结合两种检查。骨结核因为发病特点的不同，将CT和核磁共振两者结合起来进行检查可以更好地探明病情，特别是外科医生在手术过程中或手术前需要明确骨结核的病变特点，并以此为手术制定合理方案。所以骨结核的两个最常用检查，即CT和核磁共振，有时需要一起进行。
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