阴道镜通常用于检查女性外阴、阴道，以及宫颈等部位的疾病，有时可能也会用于检查肛周表面的病变，在临床上多用于检查宫颈癌变或癌前病变，如部分女性，可能进行宫颈癌的筛查，HPV或TCT，其中有一项存在异常，有时医生会建议进一步行阴道镜检查。阴道镜的检查目的是为了在阴道镜下更加清楚地判断是否存在病变，以及病变部位，再进行定点活检，获得组织学标本，进行病理检查，最终通过病理诊断，以明确病变性质，是否存在癌前病变或癌变程度。
部分患者可能不是宫颈问题，可能是外阴、阴道或宫颈的尖锐湿疣，有时也可通过阴道镜下的检查判断，在醋酸的染色下可发生明显改变。此外外阴的营养不良或外阴良性、恶性疾病，以及肛周的湿疣，有时也可通过阴道镜的检查发现并取活检。
