手术的安全性与术者熟练程度、术者操作水平紧密相关，所以不能单纯判断椎间盘孔镜手术安全性。随着孔镜技术的发展，从手术定位、手术操作、影像学表现，安全性得到更大的提高。从定位方面讲，早期定位通过反复放射线定位，操作时间长，操作器械不方便，但是通过技术改进，目前2-3次即可精准定位，所以此方面讲，安全性有很大的提高。
孔镜的显示镜技术也有很大的发展，显示范围更广泛、更清晰，为术者提供的信息量更大，所以安全性有极大的提高。在医疗培训过程中，孔镜培训占大量的技术支持，所以医生的临床技能也在迅速提高。总体来说，目前孔镜技术是较安全的临床技术。
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