在肾结石诸多治疗方式的选择上，需要权衡各种治疗方法的利弊才能找到一种最适合的治疗方法。目前常用的治疗方法包括体外冲击波碎石术（ESWL）、经皮肾镜取石术（PCNL）、输尿管软镜以及后腹腔镜手术取石术及开放手术。上述这些治疗方法都是可以选择的，但是根据结石在肾脏内的具体位置，应该选择最微创和最低并发症发生率的治疗方式。
对于直径≤20mm或表面积≤300mm2的结石，ESWL由于其无创、低并发症、无需麻醉的优点而成为治疗这一类型肾结石的标准治疗方法；而对于体积较大的结石，ESWL多次反复治疗虽然也能够成功碎石，但采用PCNL能更快更有效的碎石。
