乙肝治疗指南最主要的是抗病毒的治疗，目前对于抗病毒的治疗，需要选择合适的时机。如果肝功能是不正常的，转氨酶大于正常值上限的两倍以上，HBV-DNA大于10^5copies/ml，乙肝五项指标是大三阳，则需要抗病毒治疗，首选的药物是口服恩替卡韦或替诺福韦进行治疗，治疗疗程至少四年以上，甚至更久。如果是小三阳，病毒大于10^4copies/ml，需要抗病毒治疗。如果是肝硬化，需要终身的服药，在治疗的过程中需要注意监测肝功能、乙肝DNA、乙肝五项指标定量等情况的变化。
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