胃肠道间质瘤跟胃癌、胃病的症状是差不多的，有时候会表现为上腹部不适或者反酸、恶心的情况。如果在腹腔或者在小肠不一定有症状，除非是比较巨大，10公分以上，可能会发生腹痛、腹胀，也会发生肠梗阻。有些在小肠，在肠黏膜内或者胃黏膜会有出血，表现黑便、便血。发生在比较低的肛门、直肠可能有膀胱刺激症状。在贲门有吞咽不适的症状。
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