双黄连的副作用比较小，主要的不良反应为胃肠道反应，对于既往有胃炎、胃溃疡等消化系统疾病的病人，建议饭后半小时服用，以减少对消化系统的不良反应。同时建议用药期间多饮水，以加速药物在体内的代谢和排泄，长期服用双黄连部分病人可以出现腹泻等消化系统症状。极少的病人对双黄连有药物过敏史，可以出现皮肤的皮疹、荨麻疹等现象，因此过敏体质者要慎用。用药期间建议不要吃生、冷、硬、辣、凉以及刺激性的食物，以免削弱药物对人体的作用。
