胃镜与钡餐功能、作用不同，两者不能互相替代。对于皮革胃的诊断，有时行胃镜检查后，需要行钡餐以进一步帮助诊断。对于消化性溃疡或其他疾病，建议行胃镜检查，因为胃镜能更清晰地显示胃部疾病，而钡餐对于较小的病变易出现漏诊、误诊的情况。
胃镜检查的另一个优势在于发现病变后，可以进行活检以明确诊断，而钡餐无法做到。惧怕胃镜检查者，经心、肺评估后，可行无痛胃镜检查。对于部分功能性消化不良患者等，经医生评估后，可能无需行胃镜检查。
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