卵巢上的囊肿多种多样，巧克力囊肿仅是囊肿的一种表现形式，应该属于良性卵巢囊肿，卵巢恶性肿瘤也是卵巢肿物的一种表现。巧克力囊肿的特点是伴随痛经，而且进行性加重，囊肿也会随年龄增加而逐渐长大。从辅助检查上，可以做B超、彩超，有经验的超声科医生可以看到囊肿大小。
除此之外，可以看到卵巢囊肿内部有细密光点，这种细密光点是巧克力囊肿的特征性表现。还可以通过血清学的检查、肿瘤标志检查，比如CA125、CA199、CEA，卵巢恶性肿瘤CA125会升高，巧克力囊肿会有低度到中度的升高。通过痛经症状、超声观察卵巢囊肿内部的细密光点、血清学检查CA125有轻到中度的升高，基本能够确定巧克力囊肿。
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