脑静脉窦血栓大部分患者可以治好，脑静脉窦血栓的治疗包括病因治疗、对症治疗、特异性治疗和远期治疗等。病因治疗主要是针对感染性静脉窦血栓患者，给予针对病原菌使用敏感、足量、足疗程的抗生素治疗。对症治疗是针对有脑水肿，颅内高压的患者应积极进行脱水、降颅压治疗。特异性治疗包括抗凝、溶栓或机械取栓治疗，抗凝主要使用肝素类抗凝药物，治疗目的是阻止血栓扩大，使闭塞的血管部分或完全再通。对于脑静脉系统血栓形成，进行全身静脉给药的溶栓疗法，目前相对使用较少。病情严重者经足量抗凝治疗无效，可给予血管内机械取栓治疗。远期治疗是指发病后继续口服抗凝剂3-6个月，RNR目标值2-3，大部分脑静脉窦血栓患者经积极治疗以后能够好转。
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