结核性脑膜炎最简便的确诊方法是通过脑脊液做结核菌涂片，如果能够找到结核菌就能够确诊。但是脑脊液中结核菌含量低，据文献报道只有10%-20%。
目前通过改良抗酸染色可以把脑脊液的结核菌阳性率提高到40%-50%。目前比较推广的检测方法是分子杆菌检测tspot，文献报道其特异性100%，敏感性是60%。所以世界卫生组织推荐对于疑似结核性脑膜炎的患者，可以常规做tspot确诊。但此方法不能作为排除诊断。
此外，还可做结核菌培养，包括固体培养和液态培养。但是需要的时间比较长，液体培养至少需要10天，固体培养大概要8周。
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