藿香清胃胶囊属于中成药类非处方药，按照说明书推荐的剂量和疗程使用很安全。此药上市后的不良反应报告显示，患者大都耐受性良好，副作用较少。偶有患者服药后出现恶心、呕吐等胃肠道反应，饭后服药可以降低不良反应的发生率。
极少数患者服药后会出现皮疹、瘙痒等过敏反应，对此药过敏者禁用。此药药性偏于寒凉，过量或者长期服用易伤脾胃，故不宜长期服用。服药三天症状无改善，或出现其他症状时应停药，并到医院就诊。为保证用药效果，服药期间忌食生冷、油腻、不易消化的食物。如正在服用其他药物，为防止发生药物相互作用影响治疗，用药前请咨询专业人士。
