只要操作得当，肠胃镜对于人的伤害并不大。胃肠镜由于属于侵入性的检查，被检查者在检查时难免会出现不适或者损伤消化道黏膜。如果只是每年进行一次胃镜检查，对身体的损害不明显。在做胃镜检查时可能会感到不舒服，因为医疗设备需要通过食道进入胃部，因此在检查过程中会有一种不适感，许多人会感到恶心、欲吐，甚至局部疼痛，这些都是常见的反应，不需要太担心。同时做检查时可能会对消化道黏膜造成摩擦，但是很快就可以自我修复，只要不经常做胃镜检查，不会影响健康。如果害怕疼痛，可以选择无痛胃镜，可以减少对肠胃的不良影响。
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