肾结节形成的原因并不明确，之前有医学专家认为可能是与肾脏的结核性病变有关。后来经过大量的医学研究和检验，发现肾结节和肾脏的结核性病变无明确的相关性，现在医学理论认为肾结节的形成可能与个体的免疫反应有一定的关系。
在某些外来物质如细菌、病毒等微生物经过肾脏或者引起肾脏的极轻微感染时，身体内的免疫系统会主动出击，吞噬细胞吞噬这些被认为是异常物质的外来物，在肾脏内沉积后可能是形成肾脏结节。
也有一部分观点认为肾脏受损后的类似于瘢痕组织的形成，是肾脏结节形成的原因之一，现在关于肾结节的形成研究并没有确定的证据来表现其确切的原因，还有待于进一步的研究。
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