骶骨脊索瘤恶性晚期通常丧失了手术时机，而且这类患者往往伴发远处转移。治疗上可以考虑进行质子束治疗，如果对于质子术治疗效果不明显者，也可以考虑使用药物伊马替尼进行治疗，伊马替尼是一种酪氨酸抑制剂，具有抗肿瘤的效果，目前研究表明，对于治疗脊索瘤具有一定的帮助。但是，整体而言，骶骨脊索瘤恶性晚期生存率不会太好，可以考虑进行中药调理。因此，一旦发生骶骨脊索瘤的患者，一定需要早期诊断，早期治疗，早期治疗可以提高患者的生存率。
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