通常如果进行药物流产，没有失败或残留导致清宫，总体安全度比人工流产更高，对身体的伤害较小。人工流产与无痛人流都可能有术中或者术后的并发症，如果手术中出现子宫穿孔，导致术中出血、宫颈裂伤，会导致人流综合征发生。如果人流过程中出现子宫内膜损伤，术后可能出现宫腔粘连，导致月经量减少、闭经，甚至不孕。术后感染可能导致子宫内膜炎、输卵管炎、盆腔炎，可能导致慢性盆腔炎症、不孕症或宫外孕的发生。
药物流产一般可以顺利实施，如果没有药流失败或药流后残留导致清宫，药物流产总体出现并发症的可能性要比人工流产小。因此如果没有药物流产禁忌证，可以考虑选择药物流产。但药物流产并非100%安全，药流也可能会药流失败，又或者出现药流残留而导致清宫，同时药物流产之后，阴道出血时间要比人工流产稍长，可能导致流产后贫血发生，因此建议不要进行没有指征的人工流产或者药物流产。
