做咽拭子检查有一定痛苦，但是这种痛苦大多数都在可以忍受的范围之内。做咽拭子检查主要是用咽拭子采样管深入到咽喉部位进行刮拭或者擦拭，采集相应的标本，所以会刺激咽喉部的神经末梢，从而引起恶心、呕吐，甚至咳嗽的症状，因为人的咽喉部相对比较敏感。
但是由于咽拭子采样的过程比较短，所以不适的症状也非常短暂，完全在可以忍受的范围之内，可以通过休息之后缓解或者喝温开水来进行缓解。大部分不会对人体造成明显的影响，痛苦性非常小。
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