纤支镜检查较痛苦，因纤支镜通过鼻腔进入咽喉部，然后过声门到气道，而因气道较小，若有异物在内，则患者会出现较痛苦的感受。但这类痛苦大部分患者能够耐受，且这类痛苦因人而异，部分患者耐受性较强，而部分患者的耐受性较差。纤支镜检查总体较痛苦，但检查时间相对较短，通常10-20分钟即可结束，大部分患者能够耐受。
纤支镜检查的适应证，主要是排查气道的疾病，支气管镜就是观察支气管里的情况。部分慢性咳嗽的患者，可选支气管镜观察支气管里的问题。部分恶性肿瘤，如中心型肺癌的患者，可看到气管腔里有一些新生物，可取出新生物送病理，为较必要的检查。部分胸腔积液性质不明的患者，可检查纤支镜。此外，部分重症感染的患者，可通过纤支镜吸痰，促进痰液引流，促进患者感染的愈合。还可收集气道分泌物进行培养，选择相应敏感的抗生素。
