肝部核磁共振能对胆道、肝脏一些疾病的诊断和治疗非常有意义。首先，肝部核磁共振可以建立胆道成像，了解整体胆道的病变以及解剖学变异，有助于临床诊断和手术当中帮助识别，减少误判、误治。其次，肝部核磁共振对于肿瘤，有助于发现早期淋巴及软组织转移，帮助确定肿瘤的分期，尤其是在肝部核磁共振增常影像学检查当中，一些肿瘤可以明显显示富血供表现，有助于早期判断。同样肝部疾病的诊断也要结合其他的影像学、肿瘤学、生化学检查帮助病情的识别，并给予及时治疗。
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