肝脓肿是肝内的感染性的疾病，最常见的是细菌性肝脓肿和阿米巴肝脓肿。细菌性肝脓肿，主要是肠杆菌和一些球菌感染而导致，阿米巴肝脓肿是阿米巴原虫导致。肝脓肿的常见原因是胆道系统的疾病，包括胆管炎、胆道梗阻、硬化性胆管炎、先天性的胆管畸形，还有一些恶性的胆道疾病和胰腺疾病常常要使用支架，这也与肝脓肿的发生密切的相关。除了局部胆道和胰腺的问题之外，还有一些有基础疾病的人容易患肝脓肿，如糖尿病患者，正在接受免疫抑制剂治疗的一些移植的患者都容易患肝脓肿。
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