毛霉菌感染初始首选治疗药物，为两性霉素B或者两性霉素B脂质体治疗。待到病情缓解病情得到控制之后，可以改为降阶梯治疗。降阶梯治疗一般选择口服的泊沙康唑、艾沙康唑，治疗的具体剂量以及疗程需要遵照医生的医嘱进行。
如果初始治疗不能够耐受两性霉素B或者两性霉素B脂质体，一般需要采用静脉的泊沙康唑、艾沙康唑治疗。病情稳定之后，可以改为口服的艾沙康唑、泊沙康唑进行巩固治疗，具体的疗程也需要遵照医生的医嘱来进行。对于毛霉菌的治疗，药物治疗是一方面，很重要的另一方面还需要外科的清创治疗，两者结合起来才会达到最佳的治疗效果。
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