扁桃体发炎的主要致病菌是乙型溶血性链球菌、葡萄球菌和肺炎双球菌；病毒比如腺病毒，也可引起扁桃体炎，细菌和病毒同时感染的也较为常见。细菌可以是外界入侵，也可能是隐藏于扁桃体隐窝内，当机体抵抗力因寒冷、潮湿、过度劳累、体质虚弱、烟酒过度、有毒有害气体或粉尘刺激等因素，引发免疫力突然下降时，细菌的繁殖就会增加。有时急性传染病也会表现为急性扁桃体炎，比如麻疹、猩红热、白喉等。慢性扁桃体炎，往往是在急性扁桃体炎反复发作后发生。
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