酵素的副作用和危害，主要有以下几点：
1、过敏反应。少部分人进食后，会引起皮疹、瘙痒、出汗、腹痛等不良反应，因此对酵素过敏者应该禁用。
2、目前市场上，很多酵素是自制的，没有标准配方，糖的含量超标，糖尿病患者应该慎用。
3、自制的酵素，很多卫生不到位，生产过程中容易产生病菌，对身体健康存在隐患。所以购买酵素尽量选择大品牌、口碑好的大公司。自制酵素生产过程中，发酵后产生某些有害物质，如甲醇，长期大量服用，有甲醇中毒的风险。特别是水果酵素，发酵过程相对复杂，很多厂家用劣质的水果，发酵后容易产生霉菌，对人体健康造成严重危害。
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