核磁共振检查的时间，与患者所做检查的部位、核磁共振的场强、患者所做序列的多少，以及核磁共振检查的类型都有关系。一般患者做核磁共振平扫的检查时间比增强的检查时间短一些，在10-30分钟左右，其中核磁共振头部平扫的检查时间一般比较短，10分钟左右就能完成，但是腹部检查时间就会相对长一些，1.5T的核磁共振检查时间比3.0T的核磁共振检查时间更长。对于核磁共振的增强扫描，由于扫描的序列比较多，而且要在检查之前为患者注射对比剂，所以总体的检查时间相对比较长，一般在0.5-1个小时之间。
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