手指骨髓炎的治疗原则是脓肿引流、病灶清除，进行抗感染治疗，首要的治疗为引流。如果病灶位置比较接近末梢，感染比较严重，可以通过切除远端控制感染，如果是中段的骨髓炎，现在治疗方法也非常多，可以通过手术切除中间的感染病灶，进行植骨的融合治疗。
如果患者感染灶比较小，比较靠近远端，进行残端的修整，但是如果患者全手指感染非常严重，通过几次清创和负压治疗以后，如果感染长期无法控制，呈进行性加重，也可以通过手指截肢进行治疗。大多数患者仅会进行保指手术的清创治疗，而且在95%以上的患者，可以通过保指清创治疗实现骨髓炎的控制，而不需要进行截指的治疗，以避免可能会影响后期手部功能和日常生活。
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