脑脊液墨汁染色阳性，主要是指带有荚膜的新型隐球菌存在，这也是诊断隐球菌性脑膜炎的金指标。墨汁颜色阳性，可以诊断为隐球菌脑膜炎，治疗上的主要是以抗真菌治疗，可以选用两性霉素B静脉滴注或者是鞘内注射，一般用药的剂量要根据患者的公斤体重进行计算。
对于隐球菌性脑炎，是临床上比较少见和比较严重的脑炎，真菌感染之后病人必要的时候还要配合着糖皮质激素，以及免疫抑制剂治疗。如果脑水肿严重，还要给予病人积极的脱水、降颅压治疗，临床上常用的有甘露醇、甘油果糖，必要的时候配合着呋塞米以及糖皮质激素等，还可以应用白蛋白。
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