扁桃体手术符合手术适应症时，术后无明显后遗症及危害。术后可能短期内会有出血，但通常可以控制，还可能有发烧、咽痛等症状，通常1周内会逐渐缓解及痊愈。
扁桃体手术适应症包括急性扁桃体炎反复发作，病程1年反复发作7次或以上，病程2年，每年反复发作5次或以上，病程3年，每年反复发作3次或以上，达到此发作频率，则需考虑手术切除扁桃体。如果扁桃体有良性肿物或扁桃体肥大导致阻塞性睡眠呼吸暂停、吞咽阻挡感、说话不清晰且有含物音，均符合手术适应症，可以考虑手术切除扁桃体。
