肾穿刺属于有创操作，会引起疼痛，但疼痛因人而异。每个人对疼痛感觉，也就是疼痛的阈值不一样，在肾穿刺前需要应用麻醉药，最常用的是利多卡因，提前应用可以缓解一部分人的疼痛。但有的人对疼痛较敏感，也就是疼痛阈值较低，可引起疼痛。
麻醉药作用时间有限，利多卡因一般作用1-2小时，当利多卡因药效失去后，穿刺部位可能就会出现钝痛或疼痛。有些患者可以持续很长时间，绝大多数在1周之内就可以缓解或消失，极个别患者可持续较长时间，可达3个月，可能是穿刺位点出现无菌性炎症性改变，是机体的一种反应，不属于异常，不需要特别关注，只需关注是否有炎症出现即可。如果是瘢痕体质，穿刺以前就需要仔细评估，有可能会造成穿刺点瘢痕，从而出现炎症性改变或局部不适，需要仔细评估，必要时可应用外用药物解除问题。
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