肛门镜检查和直肠指检检查这两种检查都是肛肠科最实用、最简单的检查，哪个疼不能简单的一概而论，应该视具体情况而定。
对于肛裂患者来说，肛门镜检查和直肠指检都非常疼痛，都无法耐受，而没有肛裂的患者肛门镜检查和直肠指检检查都能比较顺利的完成。相对来说肛门镜检查更难受，因为肛门镜的材质一般是塑料，材质比较硬，指检的时候用的是手指，相对会软一些，富有经验的医生都会在检查的过程中，顺着患者的肛门收缩来缓慢用力。从这个角度来看，在同等条件下，肛门镜检查相对更疼痛。
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