肛门囊肿有时来自于肛门周围皮肤的皮脂腺囊肿，有时肛门囊肿与肛周感染性疾病相关，形成肛周脓肿。肛周皮脂腺囊肿大多数有实质内核，一旦感染会形成局部脓肿。皮脂腺囊肿形成早期，由于肿物较小，可通过适当手术切除方式将囊肿去除，感染的可能性也会自然消失。
如果是肛周脓肿造成囊肿，进行治疗时，除应用抗生素外，还应及时进行脓肿切开，使囊内脓性分泌物及时排空，对感染控制才能起到加快作用。出现肛周脓肿时，还要注意是否与肛瘘等肛周炎症性疾病相关，肛瘘形成肛周脓肿，通常呈现为反复发作、迁延不愈状态。只有将瘘管彻底切开，使新生肉芽组织由内向外生成，肛周脓肿才会彻底治愈。因此对于肛周囊肿治疗，一定要明确导致囊肿原因，针对性治疗，才能起到较好的治疗效果。
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