盐酸二甲双胍肠溶胶囊的副作用主要有以下几个方面：
第一、胃肠道反应，胃肠道反应主要包括腹泻、恶心、呕吐、胃胀、乏力、消化不良、腹部不适。二甲双胍引起的胃肠道反应都出现在治疗的早期，多数患者随着治疗时间的延长可以逐渐的耐受或者是症状消失。尽管二甲双胍肠溶胶囊的胃肠道反应要少于二甲双胍普通片，但是也会出现胃肠道不适。
第二、二甲双胍可能会影响到维生素B12的吸收，研究显示，长期服用二甲双胍可以引起维生素B12水平的下降，因此在长期使用二甲双胍治疗的患者应适当的补充维生素B12。
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