男性输精管结扎常选取的部位是双侧阴囊上半部分的侧面，因为此处易触及输精管。输精管较长，下方与睾丸连接，部分在身体内部走行而无法触及，所以患者结扎手术部位的选择原则是可从体表触及输精管，从而在切开皮肤后较快明确输精管的位置并进行结扎。
结扎时常选择的部位是从睾丸向上方2-3cm，在阴囊上半部分的侧面。因为侧面皮肤较薄，易触及输精管，而皮下基本无组织，且远离睾丸与附睾。此处除输精管与周围动静脉外，基本无其他器官，医生可较易触及并固定输精管的位置，也较方便在切开皮肤后将输精管分离并进行结扎。手术后可能会在患者阴囊的上半部分左右侧各遗留一个1cm左右的切口，但由于阴囊皮肤较皱，所以待伤口愈合后可能无法看出。
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