注射疫苗预约的科室常常是保健科，由于一些保健院仅有保健科，注射疫苗就要在这种科室里进行。但是很多综合医院注射疫苗，需要根据医院科室的设置来进行。
有些医院并没有专门的保健科，注射疫苗时就要咨询医院的有关部门，有些医院注射乙肝疫苗，需要在消化科或者肝炎科进行。注射宫颈癌疫苗需要在妇产科，注射其它的疫苗，比如卡介苗等，需要在小儿科。不同的医院，注射疫苗的科室是各不相同的。
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