细菌性阴道炎的病因是比较复杂的，它不是由单一的某一种细菌引起的阴道炎。
正常情况下阴道有一定量的乳酸杆菌，能够维持阴道的酸碱度，但是在某些因素的作用下，一些厌氧菌，比如加德纳菌、气单胞菌、类杆菌以及消化链球菌等等产生优势，大量繁殖，甚至人型支原体，当然人型支原体的感染会少见一些，主要是厌氧菌为主。
这些厌氧菌或者人型支原体大量繁殖以后，代谢的产物使阴道分泌物的生化成分发生改变，这样阴道的pH值发生改变，更容易引起其他细菌的微生物的感染，这种人多半有频繁性交或者阴道灌洗，使阴道的pH值改变有关系。一般来说，pH值是偏高的，也就是碱性的，碱性环境不利于乳杆菌的粘附和生长，这样就有利于加德纳菌等等厌氧菌的生长，所以引起了细菌性阴道炎。
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