甲减长期不吃药会对身体多个系统产生严重的影响，如神经系统可以出现患者记忆力、理解力、计算力减退，以及反应迟钝、嗜睡、精神抑郁等，严重的可以出现猜疑型精神分裂症、痴呆、木僵、昏睡，并且会对睡眠会产生影响。还可以对血脂产生影响，导致血脂升高，久病者可以发生动脉粥样硬化，并且冠心病的发生率以及心肌梗死的发生率也会明显的增加。对血液系统可以影响促红细胞生成素的合成，骨髓造血功能降低，可以出现贫血。还可以影响性腺功能，男性可以出现阳痿和精子缺乏，而女性会出现月经周期的不规律、月经量增多、排卵障碍，甚至出现功能性的子宫出血、卵巢萎缩、闭经和不孕，还可出现毛发的脱落。甲减如果特别严重时，还会出现血压降低、心率变慢、体温下降、昏睡、意识障碍、肾功能不全等，而出现生命危险。
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