正常情况下头部核磁共振检查没有痛苦，因为核磁共振检查属于一种无创的检查方式，只不过在检查过程中空间比较密闭，而且检查时间比较长。所以，从来没有做过核磁共振检查的人，比较容易出现恐惧感，从而出现心率加快等症状。
但以上症状在检查结束之后很快就会消失，不过患有幽闭恐惧症的人就会感觉到很痛苦，这些人很难完成检查。如果有此疾病的患者，不能够做此项检查。再就是做核磁共振时，噪音比较大，患者会产生耳部不适感，但都在可以忍受范围之内。
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