普通肠镜会引起轻微疼痛，但是不是特别剧烈。肠镜分为普通肠镜和无痛肠镜，在进行无痛肠镜检查时，由于检查之前需要进行静脉注射麻醉药品，所以患者是不会有任何感觉的，更不会出现疼痛现象。部分人在进行肠镜检查时，会使用普通肠镜检查，这类患者在检查时需要从肛门部位深入内窥镜，然后经过直肠进入结肠，在内镜进入到结肠肝曲、结肠脾曲的时候会有些许不适引起部分疼痛，但是疼痛并不是特别严重，大多数人都可以耐受。肠镜检查的过程之中会对肠黏膜造成一定的损伤，所以部分人在检查后会出现大便带血，在过一段时间之后就会恢复正常。
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