部分新生儿期发现的疾病，如法洛四联症或大动脉转位，经过早期积极有效的手术治疗可以得到根治。部分新生儿期的复杂性心脏病，如右室双出口，同时合并其它心脏结构、功能的异常。这种通过手术一期无法根治的复杂性先天性心脏病，个别新生儿会通过姑息一期或二期的分期手术，进行逐批根治。
如果是心肌病变，如新生儿期起病的肥厚型心肌病、扩张型心肌病或者混合型心肌病。因为起病较早，所以不能直接判断新生儿的预后，预后要根据心脏结构和功能的恢复情况决定。建议在心血管内科医生的正确指导以及规律服药的治疗下，进行定期随访、观察，以观察心肌病变的改善情况，从而最终决定新生儿的预后。
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