精子巴氏染色形态分析是《世界卫生组织人类精液检查与处理实验室手册》推荐的测定精子形态学的染色方法，可以使精子和其他细胞很好地被染色，可以使精子头部的顶体和顶体后区、胞浆小滴、中段、尾部着色。使用严格的分类标准，正常生育男性精液中，正常形态精子的比例应该大于15%。
巴氏染色液中俾士麦棕为盐基性染料，伊红、亮绿、橙黄等为酸性颜料，能够与细胞中具有相反电荷的蛋白质结合，而染成不同的颜色，从而能够清楚地区分各种细胞成分。目前使用改良的巴氏染色法，操作非常简单，只需在自然干燥的精子涂片上滴加1-2滴巴氏染液，染15分钟即可，流水冲洗后自然晾干，显微镜油镜下观察精子形态。除了巴氏染色法，精子形态学分析还可以使用HE染色、瑞氏染色和瑞-吉染色法。
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