肛门常有短时间阵发性钝痛，或疼痛持续数小时，是肛窦炎的临床症状常见的表现。肛窦炎又称肛隐窝炎，常是肛管直肠部位感染性疾病的发源病灶，因症状不重，易被忽视。
其病因与感染与损伤有关，肛窦因窦底在下，开口朝上，呈袋状，引流差，容易贮藏粪便引发感染和损伤，肛窦的边缘又有游离的半月形的肛瓣，也容易受到干粪块的擦伤或被排便时撕裂。排便次数增多或患肠炎、痢疾、腹泻、便秘等，频繁刺激肛窦和肛瓣。身体和局部抵抗力降低，或有周身慢性消耗性疾病，粪便和异物存积肛窦，窦道受到阻塞，使肛腺分泌的肛液引流不畅，加上粪便分解，病菌繁殖，肛窦即发炎肿胀。常见的致病菌有大肠埃希杆菌、葡萄球菌、变形杆菌、产气杆菌、链球菌、结核杆菌、绿脓杆菌等，其中大肠埃希杆菌占60％～70％。
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