手足口病的疫苗只打一针，有可能起到对肠道病毒71型的预防效果，但预防效果很可能不会持续太长时间。因为打疫苗之后，产生相关保护作用的机制，主要是让身体的免疫系统产生中和抗体。打两针之后产生中和抗体的人会比较多，只打一针出现中和抗体的概率就要小一些，出现中和抗体的浓度一般也会小于两针。即使打了一针手足口病的疫苗，产生相应的免疫能力，免疫能力也不会持续到特别长的时间，还是打两针疫苗放心。目前的手足口病疫苗仅仅针对肠道病毒71型，未来还有可能研制出同时针对道病毒71型、柯萨奇病毒A组16型等病毒的疫苗。
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