由于亚急性联合变性，是各种原因导致体内维生素B12含量不足，而出现的中枢以及周围神经系统的病变。因此，亚急性联合变性最主要的治疗方法是补充维生素B12，其中包括营养不良的治疗，比如改善膳食的结构，多食B族维生素的食物，比如动物的肝脏和粗食。另外，患者需要戒酒。最后需要治疗导致维生素B12吸收不良的疾病，比如胃炎以及肠炎等。贫血的患者，需要给予铁剂治疗，比如硫酸亚铁治疗。胃液中缺乏游离胃酸的胃炎患者，需要给予服用胃蛋白酶治疗，患者可以加强功能锻炼，比如针灸和康复治疗。
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