面对患儿家长的这个问题，有时候真的很难一两句话解释清楚。先天性心脏病发病原因很多：体内基因自发性突变；从父母遗传来的基因突变；外部或环境影响导致的变化；这些因素的综合影响。事实上，两个不同孩子患上相同的心脏病，他们的病因可能完全不同。
遗传性疾病可能导致单独的心脏疾病，也可能导致包含心脏病的综合症，这种综合症会从不同方面影响身体、身体的各个器官和功能。有些情况下，心脏病可能是病人患上某种综合症的第一征兆。因此，如果孩子患有心脏病，应确定孩子是否患上某种综合症而心脏病只是此综合症的一部分。比如唐氏综合症，是由于一条额外的21号染色体导致的，即出现了3条21号染色体，因此也被称为21-3体综合征。三体变异是由于细胞分裂出现错误而导致的。唐氏综合症中最常见的伴随发生的先天性心脏缺陷是房室间隔缺损（心内膜垫缺损）、法洛四联症、主动脉弓中断、室间隔缺损。
先心病患者的同胞和子女中，先心病的发生率比一般人群高10～14倍；若父母健康，第1个孩子患有先心病，第2个孩子患病的可能性为1～6％；若父母健康，连续2胎皆为先心病者，再生先心病患儿的可能增至10％；若第1个孩子患病，父母任何一方也患病，第2个孩子患病危险增至3～18％。
总之，遗传只是先心病病因之一，而且机制也并未彻底为人们所认识。
