肛门改造，主要针对出现肛门开口狭窄，或者肛门无开口的新生儿患者。其治疗的重点，在于帮助新生儿重建正常的肛门开口，并保存肛垫、肛门括约肌、以及大便自制能力。主要的治疗方法，有肛门口扩张术，及肛门口成形手术。低位型肛门闭锁的新生儿，如有肛门开口狭窄的情况，可以先进行肛门口扩张，待其身体允许的情况下，进行肛门成形手术。低位型肛门闭锁，并且先天无肛门开口者，需要直接进行肛门成形手术，拉出正常的肛门位置。一般此类患者，通过肛门改造后，都可以获得比较好的排便自理能力。对于高位型的肛门闭锁，不管是结肠造口还是肛门成形术，术后可能存在大便无法自制的情况。
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