肝占位的鉴别诊断很多，可以分为肝脏良性肿瘤、肝脏恶性肿瘤。肝良性肿瘤中可以分为肝囊肿、肝腺瘤、肝局灶性结节性增生、肝血管瘤等等，恶性肿瘤中有原发性肝癌、转移性肝癌、肝胆管癌、混合性肝癌等等，需要进一步行CT、磁共振的平扫加增强，并结合肿瘤标志物、甲胎蛋白、异常凝血酶原来进行综合的判断。
某些情况下有肝占位通过无创性操作无法确诊的情况，还需要进一步行肝肿物的穿刺活检，取肿物的病理组织，并行免疫组化以及显微镜的观察才能够明确其良、恶性。良性肿物跟恶性肿物的处理方式完全不同，因为恶性肿物会严重影响生存时间，所以需要及早给予手术治疗。无法手术的情况下，也需要考虑进一步放、化疗，或者免疫治疗、靶向治疗等等。
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