手足口病的确诊有赖于临床表现，因为导致手足口病的病原体也有可能导致其他的疾病，比如疱疹性咽峡炎，甚至导致隐匿性的无症状性感染。如果仅仅通过抽血，化验出柯萨奇病毒A组16型或者肠道病毒71型的现症感染，并不能确定就是手足口病。手足口病的症状，主要是手部以及足部红色的丘疹、疱疹，也有可能出现在肛门周围的皮肤上，有一些患儿皮疹的范围会大一些。同时，也很可能伴随咽峡部的疱疹以及发热的症状，出现典型的临床表现就可以确诊。当这些临床表现与其他导致皮疹的疾病难以鉴别的时候，也可以辅助抽血，化验病原体是否是现症感染，从而综合这些资料进行诊断。
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