中毒型菌痢的肠道表现并不突出，反而以大脑病变为主要表现，如抽搐、意识不好，甚至头痛、呕吐。实际是因为痢疾杆菌毒素比较厉害，尽管没有肠道病变，可是已经影响大脑的功能。
中毒型菌痢在临床上比较常见于年长的儿童，可能吃被细菌污染的食物，然后就会出现高烧、意识不好、抽搐。在诊断的时候需要与大脑本身的病变进行鉴别，比如脑炎，要及时采集肛拭子做粪便检查，包括涂片、粪便培养等，可以帮助鉴别诊断。
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