高锰酸钾属于消毒杀菌的药物，通过氧化菌体的活性基团，呈现杀菌作用，可以有效的杀灭各种细菌繁殖体、真菌、结核杆菌，也能灭活乙型肝炎病毒和芽孢，但对芽孢作用需要时间长一些。
低浓度具有抗菌、收敛、止血、除臭的功效，高浓度则有刺激性与腐蚀性，临床上主要用于治疗急性皮炎或急性湿疹，特别是伴有继发感染的时候，可以清洁溃疡或脓疡，口腔用于白色念珠菌感染、坏死性牙龈炎、牙周炎的含漱或冲洗等。内服可以用于吗啡、阿片、马钱子碱等有机毒物中毒时，洗胃使用。
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